Sejak diberiakukannya Kebijakan Otonomi Daerah, BLK Sorong merupakan salah satu diantara 5 (lima) lembaga pelatihan kerja Pemerintah yang berstatus sebagai UPT. Kantor Wilayah Departemem Papua) diserahkan kapada Pemerintah Daerah menyangkut pembinaan dan pengelolaanya. Peruhahan menyangkut kebijakan sistem sentrailisasi ke sistem desentralisasi. Membawa pengaruh yang sangat besar bagi Lembaga pelatihan kerja tersebut. Dimana BLK Sorong ditetapkan sebagai Unit Pelaksana Teknis Dinas 9 (UPTD) Tenaga Kerja Kabupaten Sorong berdasarkan PERDA Kabupaten Sorong dan Keputusan Bupati Sorong No 32 Tahun 2001.

Pada masa Otonomi daerah walaupun Tugas Pokok dan fungsi BLK Sorong tidak mengalami perubahan, namun dalam kurun waktu kurang lebih lima tahun terakhir secara pasti BLK Sorong mengalami penurunan di dalam pengelolaannya sehingga berdampak semakin menurunnya kualitas dan kuantitas penyelenggaraan pelayanan pelatihan kerja. Perhatian Pemerintah Kabupaten Sorong menyangkut kemampuan finansial untuk membiayai BLK Sorong sangat terbatas. Dana pengelolaan BLK Sorong disatukan dengan anggaran Dinas Tenaga Kerja Kabupaten Sorong dan Kegiatan Pelatihan kerja di BLK hanya mengandalkan paket pelatihan dari pusat melalui Dinas Tenaga Kerja Provinsi Irian Jaya (Papua) dengan

Dana Tugas Pembantuan yang digulirkan oleh Direktorat Jenderal Pembinaan Penempatan dan Pelatihan Dalam Negeri (Ditjen Binapendagri) Departemen Tenaga Kerja dan Transmigrasi.

Dengan melalui saluran hierarki dan proses pengurusan yang relatif panjang maka pada akhir tahun 2005 Balai Latihan Kerja (BLK) Sorong dikembalikan kapada Kementerian Ketenagakerjaan dan berubah status pengelolaan dan pembinaannya dikembalikan kepada Kementerian Ketenagakerjaan. Kemudian bedasarkan Peraturan Menteri Tenaga Kerja dan Transmigrasi Nomor PER-06/MEN/11/2006, tentang Organisasi dan Tata kerja Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Departemen Tenaga Kerja dan Transmigrasi lembaga pelatihan pemerintah yakni BLK Sorong ditetapkan sebagai Unit Pelaksana Teknis Bidang Pelatihan Kerja dengan Sebutan BLK Sorong, dengan wilayah kerja meliputi Provinsi Papua dan Irian Jaya Barat sesuai dengan kebutuhan dan perkembangan Permenakertrans Nomor 06 Tahun 2006 diganti Kemudian Kementerian Tenaga Kerja dan Transmigrasi menerbitkan Peraturan Menteri Tenaga Kerja dan Transmigrasi Nomor PER-07/MEN/IV/2011 tanggal 29 April 2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Di Lingkungan Kementerian Tenaga Kerja dan Transmigrasi, kemudian diganti sesuai dengam nomenklatur baru Kementerian Ketenagakerjaan menerbitkan Peraturan Menteri Ketenaga Kerjaan Nomor PERMENAKER Nomor 21 tahun 2015 tentang Organsasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis